秸秆焚烧产生的烟雾中含有大量的氮氧化物、光化学氧化剂和悬浮颗粒等物质。当可吸入颗粒物浓度达到一定程度时，对人的眼睛、鼻子和咽喉含有黏膜的部分刺激较大，轻则造成咳嗽、胸闷、流泪，严重时可能导致支气管炎发生。秸秆焚烧区域、时段均相对集中，大量烟雾对中老年和儿童及患有呼吸道疾病的人造成很大影响。

燃烧秸秆形成大量的烟雾，使能见度大大降低，可见范围降低，严重干扰了正常的交通运输。在交通干线两侧和机场附近，这种影响尤为突出。

秸秆焚烧，极易引燃周围的易燃物，尤其是在村庄附近，一旦引发火灾，后果将不堪设想。

农作物秸秆中不仅含有大量纤维素、木质素，还含有一定数量粗蛋白、粗脂肪、磷、钾等营养成分和许多微量元素。在田间焚烧农作物秸秆，仅能利用所含钾的40% ，其余氮、磷、有机质和热能则全部损失，而且焚烧秸秆使地面温度急剧升高，虽然能够杀死部分有害昆虫卵，但也能直接烧死、烫死土壤中的有益微生物，影响作物对土壤养分的充分吸收，直接影响农田作物的产量和质量，影响农业收益。