《土地管理法》第七十七条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

《土地管理法》第七十八条规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

《城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

《城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

对于同时违反《土地管理法》和《城乡规划法》的非法占用土地建设房屋的行为，自然资源主管部门和城乡规划主管部门依法均享有管辖权。但是两法的立法宗旨不同，《土地管理法》旨在保护土地资源，《城乡规划法》则强调空间布局合理性。依据两法立法宗旨，在实践中一般按以下步骤予以处置：

（一）涉及非法占用“农用地”建设房屋行为的处罚。

原则上优先适用《土地管理法》进行处罚，由自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，此外，违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除非法占用土地上的建筑物，符合土地利用总体规划的，没收非法占用土地上的建筑物。理由如下：

1、建筑物依附于土地存在，合法建设的前提是用地合法。

取得用地有关证明文件是申领建设工程规划许可证的前置条件，若建设单位没有依法取得用地有关证明文件或实际用地超出批准的用地范围，其本质上不具备申领建设工程规划许可证的法定条件，客观上也无法通过程序上补办建设工程规划许可手续而达到使建设物继续保留的目的。

2、《城乡规划法》规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正。“限期改正”核心是纠正违法状态，补办手续通常是纠正违法状态的一种具体实现方式，而补办建设工程规划许可手续的前提为取得使用土地的有关证明文件，未取得土地手续的违法建筑，不具备“限期改正”的前提。即城乡规划主管部门认定为尚可采取“改正”措施消除对规划实施的影响而无须对建筑物作“限期拆除”处理的，应以自然资源主管部门依法处理结果为前提，据以判断是否具备可予补办建设工程规划许可手续的客观条件。

3、占用“农用地”违法行为，城乡规划主管部门以建设行为违反《城乡规划法》为由立案查处完成后，有些案件需再依法移送自然资源主管部门对涉案土地进行“退土”“复耕”等处置，既延误违法行为处置时效，又易造成执法资源错配。

（二）涉及非法占用“建设用地”和“未利用地”建设房屋的处罚。

《土地管理法》第七十七条对此没有予以明确，按照“法无授权即禁止”的行政原则，自然资源主管部门除责令退还土地外，对地上建筑物或设施，由违法当事人与合法的土地所有者或使用者协商处置，《土地管理法》只能对土地作出责令退还的行为，而对地上建筑物或设施则需要城乡规划主管部门依据《城乡规划法》的规定进行处罚，既延误违法行为处置时效，又造成执法资源过度浪费，故对非法占用“建设用地”和“未利用地”建设房屋的情况，具体执法实践中由城乡规划主管部门以建设行为违反《城乡规划法》为由立案查处。